TDEC系統

系統簡介

TDEC提供藥物樣品登載記錄管理功能

台灣藥物樣品資料庫(TDEC)採用Microsoft SQL Server (2022) 資料庫伺服器為主要資料庫管理系統,系統架構採用微軟ASP.Net與C#為主要開發程式語言,並搭配HTML5/ CSS3/ JavaScript架構進行系統開發,所有頁面設計均符合HTML 5.0之標準。網站標準符合響應式網頁設計(Responsive Web Design; RWD);網頁會自己隨著瀏覽者的網頁瀏覽裝置解析度的大小,自動變化網頁的寬度及頁面配置。所有功能操作皆能在1440 x 900以上解析度呈現最佳的閱讀模式。

系統架構

TDEC由10個主要系統建構而成。

藥物樣品管理系統負責藥物樣品資料登載及查詢功能。

此外,TDEC也提供藥物樣品合作契約協定(Cooperative Contract Agreement),若會員欲取得實體藥物樣品,請先詳閱藥物樣品合作契約協定的說明。

(1)藥物樣品資料登載項目 (The Items of Data Registration )

TDEC提供豐富的藥物樣品資料登載項目,方便讓會員將其寶貴的研究成果登載於TDEC系統中,包含藥物樣品基本資料(Basic Data Information)、藥品來源資訊(Drug Source Information)、生物活性資料(Biological Activity Database) 、藥品結構資料(Chemical Structures)、供應單位資訊(Provider Information)與物化特性數據(Physicochemical Properties)等資訊,每一大類項目之下皆包含有多種登載項目欄位。

化學結構資料(Chemical Structures): 化合物的SMILES資訊、2D及3D結構

物化特性數據(Physicochemical Properties): 分子量、溶解度、pKa等小分子物化特性數據。

生物活性資料(Biological Activity Data): 抗癌活性值描述、抗發炎活性值描述、抗過敏活性值描述等資料。

供應單位資訊(Provider Information): 藥物樣品提供者的中、英文機構名稱、系所名稱、地址及電話(含國碼及區碼)等資料。

基本資料(Basic Data Information): 藥物樣品的中、英文名稱、存量、儲存條件...等基本資料。

材料來源資訊(Drug Source Information): 材料來源提供單位、來源材料學名、來源材料部位等資訊。

是否提供小量樣品(Whether Provide a Small Amount of Samples): 會員是否提供小量藥物樣品(1~2mg)予本中心進行保存。

(2)藥物樣品資料批次登錄 (Data Registration by Batch Import)

TDEC具藥物樣品資料批次登錄功能,可大量批次匯入多筆數據。TDEC提供的藥物樣品資料表(xlsx)及檔案管理系統,方便會員同時登載多筆藥物樣品資料。

(3)藥物樣品合作契約協定 (Cooperative Contract Agreement)

會員使用TDEC系統查詢到感興趣的藥物樣品資料,欲進一步取得該實體藥物樣品以進行相關研究或實驗,應由藥物樣品擁用者將此材料的部分或全部移轉給需求者,並由雙方機構單位簽署「材料移轉合約書」或其它同性質合約書為原則,以明訂材料(純化合物或粗萃取物)使用規範及相關權利義務,此簽署行為與TDEC無關,唯因使用TDEC系統而衍生出相關研究成果或發表,惠請致謝TDEC

(4)藥物樣品資料登載記錄管理系統 (Registered Data Management System)

TDEC提供藥物樣品資料登載記錄管理功能。一旦會員登載其寶貴的藥物樣品資料於資料庫後,可妥善管理個人登載的藥物樣品清單及細目,並統計有多少筆純化合物及粗萃取物,查尋會員曾登載的純化合物或粗萃取物的詳細資訊。此外,系統會自動派發一個TDEC ID於審核通過的藥物樣品資料,可以方便實驗室主持人管理實驗室的藥物樣品。透過TDEC為每一個藥物樣品給予一個TDEC ID標籤,有效率地管理實驗室的藥物樣品,搭配TDEC系統化管理平台,快速地進行資料登載、查詢、修改及媒合功能。

登載於系統的資料,在TDEC審核通過之前,會員可以透過藥物樣品資料登載記錄管理系統修改登載資料,一旦經過TDEC審核通過後,細目資料則不能再修改。若要更新資料,請透過聯絡我們回報TDEC管理員進行資料修改。

TDEC提供功能完善的藥物樣品查詢功能,方便會員於系統中進行資料比對或查詢,包含(1)基本資料查詢(Basic Data Search);(2)生物活性資料查詢(Bioactivity Data Search);(3)化學結構查詢(Drug Search by Chemical Structure);(4)物化特性數據查詢(Drug Search by Physicochemical Properties);(5)資料登載記錄查詢(Registered Drug Search);(6)媒合紀錄查詢(Matching Drug and Investigator Search);(7)受媒合紀錄查詢(Drug Search Matched by Other Investigators)。

(1) 基本資料查詢(Basic Data Search)

藥物樣品基本資料查詢,提供包含藥品類別、藥物樣品中英名、植物學名等查詢功能。

(2) 生物活性資料查詢(Bioactivity Data Search)

生物活性資料查詢提供下列生物活性值之描述,包含: 抗發炎活性、抗過敏活性、抗肝炎活性等生物活性資料。

(3) 化學結構查詢(Chemical Structure Search)

TDEC提供結構畫板系統,可在畫板上繪製化學結構進行查詢,也可以使用匯入的方式將您想要查詢的結構直接匯入。

TDEC提供結構相似性查詢功能,包含Similarity(相似性查詢,數值0.1~1.0); Exact(完整結構查詢)。會員在結構畫版上畫出想要查詢的結構,再選擇結構查詢的類型(Similarity/ Exact)即可進行結構查詢,快速地利用結構資訊找到自己想要的藥物樣品資料。

(4) 物化特性數據查詢(Physicochemical Properties Search)

TDEC提供小分子物化特性數據查詢功能,可同時檢索化學結構相關的物理化學特性與 ADMET 特性。

在物理化學特性(Physicochemical Properties)部分,TDEC包含常用的分子指標,如旋轉鍵數(nRot)、酸鹼解離常數(pKa)及脂水分配係數(logP)等特徵值。 而在 ADMET 特性(Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity)部分,則提供包括 Caco-2 通透性(Caco-2 Permeability)、MDCK 通透性(MDCK Permeability)及人腸吸收率(Human Intestinal Absorption, HIA)等關鍵藥代動力學指標。

舉例而言,若研究者欲篩選具細胞膜穿透能力、有利於腸道吸收並且毒性低的小分子,可設定篩選條件如下:

系統即可依據這些條件,自動列出符合特徵的化合物樣品,協助研究者快速鎖定具藥物樣潛力的候選分子。

藉由 TDEC 提供的物化特性數據查詢功能,研究人員可在短時間內完成基於物化與 ADMET 特性的多條件篩選,提升天然物藥物開發的效率與精準度。

(5) 媒合紀錄查詢(Matching Drug and Investigator Search)

TDEC提供媒合紀錄查詢。TDEC系統會記錄會員曾提出媒合申請的藥物樣品紀錄。會員可以經由此系統查詢歷史媒合申請紀錄。

(6) 受媒合紀錄查詢(Drug Search Matched by Other Investigators)

TDEC提供受媒合紀錄查詢。TDEC系統會記錄其他會員曾向您的藥物樣品提出媒合申請的紀錄。會員可以經由此系統查詢歷史藥物樣品受媒合紀錄。

TDEC 提供化合物結構的物理化學特性與 ADMET(吸收、分佈、代謝、排泄及毒性)相關數據。這些資訊係透過 Open Babel、RDKit 與 ADMETlab 3.0 等計算工具進行特徵值預測,涵蓋小分子之分子量、Lipinski’s Rule of Five、可旋轉鍵數(Rotatable Bond Count)等基礎物化特性,以及 Caco-2 通透性(Caco-2 Permeability)、MDCK 通透性(MDCK Permeability)與人腸吸收率(Human Intestinal Absorption, HIA)等關鍵藥代動力學指標。

會員登載小分子資料於TDEC中,經管理員審核通過後,系統會將小分子結構上傳至計算模組,經計算後再將其數據下載至TDEC本地端資料庫中並儲存,回傳計算結果至前端藥物樣品資料頁面讓會員使用及查詢。

本系統旨在提供研究人員關於小分子物化特性與ADMET 特性預測資料,可作為新藥開發過程中評估化合物成藥性的重要參考依據,以有效提升藥物研發效率與成功率。

TDEC使用媒合管理系統以進行藥物樣品媒合功能,其意是指利用網際網路快速地連結藥物樣品提供者(提供者)及研究人員之間或藥物開發人員之間(研究者)藥物樣品資訊的聯絡方式,可跨領域及跨區域性地尋求藥物共同研究合作開發的機會,加速新藥開發的速度。其目的在於透過TDEC資源共享平台,橋接藥物樣品提供者與研究者之間的資訊及資源,並提供各領域藥物開發專家學者一個有效的研究合作管道。

TDEC媒合功能的好處在於提高藥物樣品曝光的機會、增加跨領域及跨區域合作的可能性、有效地整合研究成果、減少研究資源的浪費,加速新藥開發研究的速度為最大的目標及宗旨。

例如,當會員(申請者)使用TDEC查尋到一筆有興趣的藥物樣品資料時,即可使用媒合功能將需求送出,只要按一個鍵,系統就會自動發出一封E-mail(媒合信)給該藥物樣品提供者(提供者),清楚地讓提供者知道有其他會員對該項藥物樣品資料有興趣,想進一步了解細部資訊或是合作的意願。提供者可依現況評估合作的可行性,再依媒合信提供的聯絡資訊回覆申請者,即完成線上藥物樣品媒合功能。

TDEC 統計管理系統提供會員關於本平台之整合數據資訊,內容涵蓋三大類別:(1) 物理化學特性、(2) ADMET特性、(3) 數據集統計。

(1)物理化學特性 包含 Lipinski’s Rule of Five、分子量(Molar Mass)、logP 等物化特徵數據之統計分析,協助使用者快速掌握化合物整體理化分佈特性。

(2)ADMET 特性 包含 Caco-2 通透性(Caco-2 Permeability)、MDCK 通透性(MDCK Permeability)與人腸吸收率(Human Intestinal Absorption, HIA)等藥代動力學特徵數據統計,用以反映化合物的成藥性評估結果。

(3)數據集統計 涵蓋藥物樣品數量、物化特性數量、粗萃取物活性值數量、純化合物活性值數量、會員統計及媒合統計等整體數據指標,提供平台資源整合度與使用情況的全貌分析。

透過這些統計數據,使用者可快速了解 TDEC 的主要功能與資源分佈情形,並掌握平台於天然物與藥物資料整合方面的最新進展。

註冊成為TDEC的會員後才能使用TDEC的服務資源或功能。不需任何註冊費用,即可在線上完成註冊,經TDEC管理員審核會員註冊資料的完整性後,即會核發E-mail會員核可通知信,成為TDEC的會員。

前往會員註冊

單元管理系統為TDEC系統管理功能(後台),主要用途為管理TDEC各單元大綱的資訊標題。

常見問題管理系統(後台),提供常見問題Q&A 資訊供會員參考。

訊息管理系統為TDEC系統管理功能(後台),主要用來管理TDEC網站各單元資訊的內容。

提供TDEC會員回饋本中心或本網站相關意見及建議的管道。

參考資料